Статья писалась 2 года назад. Речь в ней шла о Windows Server 2012, а не о Windows Server 2012 R2. А в WS2012 были проблемы с UPD (ссылка на ветку форума TechNet в статье приведена), поэтому на момент написания статьи речь и шла об использовании Roaming Profiles + Folder Redirection. Сейчас ферма у нас на базе WS2012R2 с использованием UPD (в UPD хранится весь профиль пользователя). Не вижу здесь причин для непоняток.
Отдельно про развёртывание фермы WS2012R2 писать не стал. Было лишь пару заметок об особенностях использования RDS новой версии, с которыми пришлось столкнуться. Найти их все можно по тэгу
У нас диски UPD лежат в шаре на файловом кластере на базе двух отдельных виртуальных серверов WS2012R2 (возможно совместимость UPD с новой версией SMB тоже может иметь значение). Перечитайте в TechNet Library требования к работе UPD. Таких явных проблем с блокировкой файлов не замечали. Возможно в Вашей ситуации какую-то отрицательную роль играют побочные проблемы, например файлы держит антивирус или есть проблемы сетевого характера. Помимо этого вполне возможно, что проблема имеет корни из совместного использования UPD и Folder Redirection (хотя мне вообще непонятно зачем может понадобиться использовать Folder Redirection вместе с UPD).