impostor написал...А как можно проверить, что DPM может с ней нормально взаимодействовать?
Ну например можно воспользоваться SQL скриптом который выводит информацию о джобах SQL Agent связанных с DPM как предложено здесь: dpm 2012 sp1 scheduled jobs disappearing
use dpmdb_kom_ad01_scdp01
select sche.ScheduleId as 'SQL agent Schedule Job Name', prot.FriendlyName as 'Protection Group'
from tbl_SCH_ScheduleDefinition sche
left join dbo.tbl_JM_JobDefinition jobd
join tbl_IM_ProtectedGroup prot
on jobd.ProtectedGroupId = prot.ProtectedGroupId
on sche.JobDefinitionId = jobd.JobDefinitionId
where sche.IsDeleted = '0' and jobd.ProtectedGroupId is not null
order by prot.FriendlyName
В 1 строчке разумеется имя БД надо поменять на то, которое используется у Вас.
Допустим скрипт вернёт Вам некоторое количество строк, где будет видна связка ID джоба SQL Agent с названием PG в DPM.
После этого в консоли DPM создайте новую тестовую PG.
Через некоторое время (5 -10 минут) после того как новая PG успешно создана, заново выполняйте скрипт, и если количество джобов SQL Agent при этом не изменится, полагаю, что уже этого будет достаточно, чтобы сделать вывод, что ваша конфигурация с отдельным экземпляром SQL Server выполнена неправильно. Хотя, судя потому что вы говорите, это итак очевидно, так как вы попросту обманули инсталлятор DPM, создав при этом проблемы самому себе.