Проблемы с языковой панелью в RDP сессиях это старая избитая тема. Причины могут быть разные - от явно софтовых, как например, помнится что какая-то старая версия Microsoft Office заменяла системную панель на свою и из-за этого начинались глюки, так и до совершенно фиерично аномальных, как например когда-то были замечены проблемы по причине того, что на клиенте и сервере различались настройки переключения раскладки. Во времена Windows Server 2003 переключатель раскладки в терминальных сессиях был моим ночным кошмаром :)
Сейчас в ферме Windows Server 2012 R2 с Office 2013 всё работает штатно. Захват пользовательских сессий практически никогда не используем, возможно поэтому с данной проблемой и не сталкивались.