Я знаю, что SCCM может найти все компьютеры, на которые установлен какой-либо конкретный софт, например по поиску конкретных ключей реестра или файлов на диске. А если задача заключается в том, чтобы запретить пользователям всё сторонне ПО, кроме явно разрешённого списка, то тут нужно смотреть не сторону SCCM, а в сторону таких средств как, например Group Policy - Software Restriction Policy.