На установочном диске SCOM есть подкаталог \ManagementPacks - это базовый набор MP, которые добавляются во время развёртывания сервера. Попробуйте установить все MP из этого каталога - должно стать понятно, чего именно не хватает.
После установки MP из базового набора выполните обновление до последней версии из каталога, в который установлен сервер SCOM из подкаталога:
%ProgramFiles%\Microsoft System Center 2012 R2\Operations Manager\Server\Management Packs for Update Rollups\
В этот подкаталог попадают обновлённые версии MP в процессе развёртывания кумулятивных обновлений SCOM.