Здравствуйте.
Практически, на вопрос ответить не смогу, так как к WS2016 в работе не используем.
Теоретически, если я правильно понял, то убрали возможность использования Roaming Profiles именно в RDS WS2016. Из предыдущих версий, например WS2008R2 / WS2012 / WS2012R2, эта технология никуда в одночасье не исчезнет, я полагаю. Поэтому не совсем понятны Ваши опасения связанные с уровнем домена и леса. Неужели Вы думаете, что повысив уровень домена/леса перестанет вдруг везде работать механизм перемещаемых профилей? Не исключаю возможность того, что на DC WS2016 в Административных шаблонах GPO не будут доступны параметры настройки перемещаемых профилей, но на DC WS2012R2 и ниже они по прежнему должны быть доступны. Вспомните, так было, например, с настройками IE через Административные шаблоны GPO в своё время.