Посмотрите, есть ли на клиентах такой лог? %windir%\CCM\Logs\EndpointProtectionAgent.log
Возможно, в нём будут ошибки установки.
Могут ли быть конфликты с другими антивирусами? SCEP умеет удалять далеко не все антивирусные продукты.
Вообще, можно попробовать пойти от противного.
Возьмите тестовый компьютер, например поднимите новую виртуалку, накатите систему. Пусть клиент SCCM установится автоматически. Подождите какое-то время, дождитесь того, что Вы увидели новый компьютер в консоли в тех коллекциях, на которые развёрнуты политики клиента и SCEP. Если установки SCEP не произойдёт, установите руками, затем посмотрите, как он будет работать, применит ли нужную политику, будет ли обновляться и т.д.
