Самбу надо подкручивать под сетевые возможности, она из коробки обычно медленнее винды. Для того чтоб исключить виртуализацию, я бы для начала поднял самбу на железе и сравнил, 99% уверен что будут примерно те же 100мбпс.
Как тюнить самбу - вопрос уже отдельный