Основная масса настраиваемых параметров клиента описана здесь: О параметрах клиентов в Configuration Manager
Хотя посыл задачи не ясен, но если всё-таки есть такая задача - совсем предотвратить доступ пользователям к Software Center, то можно пробовать запретить им доступ к компонентам этого ПО, например к файлу SCClient.exe и/или SCnotification.exe.
Пример того как это сделать можно найти в заметке Important note about System Center 2012 Configuration Manager and client machine restart notifications