Правила WPAD обрабатываются сверху вниз по порядку.
Как только клиент поймёт, что попал под правило, дальнейшая обработка правил этим клиентом прекращается.
Соответственно можно попробовать так:
function FindProxyForURL(url, host)
{
$Proxy = "PROXY KOM-AD01-SQUID.holding.com";
... <здесь основной блок правил и исключений> ....
// Один конкретный клиент идёт напрямую
if (isInNet(myIpAddress(), "10.160.100.20", "255.255.255.255")) {return "DIRECT";}
// Все остальные клиенты идут через прокси
return $Proxy;
}